Hacia fines de la década de 1880, Francisco P Moreno, director del Museo de La Plata, realizó una serie de campañas para adquirir materiales que enriquecerían las colecciones de la institución. Clemente Onelli, recién llegado de Italia, se unió al equipo del museo en 1888 y emprendió expediciones a la Patagonia. También traía consigo gestiones de intercambio museológico con instituciones en Roma, lo que llevó a su incorporación al personal del Museo de La Plata como explorador y naturalista, enfocado en paleontología y arqueología patagónicas.
Además de su trabajo en el museo, Onelli fundó la Escuela de Avicultura y un tambo modelo, creó talleres para industrializar los textiles de tradición indígena y colaboró con el perito Moreno en la demarcación de límites con Chile, en donde conoció a Martin Sheffield, un protagonista importante en esta historia.